Wie nur wenige hat Jochen Kirchhoff durch sein gesamtes Werk hin – bestärkt durch die Begegnung mit Helmut Friedrich Krause – eine konsequente Neuzeitwissenschaftskritik aufrechterhalten.

Seine Forderung nach einem radikalen Neubeginn verknüpft er mit der Entwicklung einer grundlegend anderen Bewusstseinsverfassung der Wissenschaftsträger, einer Art bewusst gelebter und in die Wissensbildungsprozesse integrierter Metaphysik, die vor rein spekulativer Theoriebildung – wie z.B. in der neuzeitlichen Astrophysik und Kosmologie – bewahren soll.

Besonders in seinem Werk „Räume, Dimensionen, Weltmodelle“ hat er sich um die Herausarbeitung von Grundzügen sinnvoller Naturerforschung verdient gemacht. Hier sticht vor allem die Darstellung und Verteidigung der Kernverstrahlungsthese und die Erklärung von Gravitation hervor, die auf die Ideen von Giordano Bruno und Helmut Friedrich Krause zur Beschaffenheit von Himmelskörpern ganz allgemein zurückgehen.